R.O反滲透系統的污染可以歸為以下四大類型：
膠體污染
　　膠體污染發生在所有以壓力為驅動力的膜分離系統中，通常與水源的性質無關。在天然水中，膠體形式主要為粘泥、膠體硅、金屬氫氧化物及有機抽。
微生物污染
　　微生物污染常會發生于反滲透過程中，因為大多數膜都須運行在無活性氯的環境中。
微生物通常以下面幾種影響膜的性能：
　　·細菌在膜表面粘附、繁殖、并分泌粘液，是膜潛在的污染物。
　　·細菌和粘液在膜表面的支撐層上不斷積累，從而導致潛在的交替和結垢污染。
　　·細菌也會在反滲透系統的產水側滋長，并分泌粘液。這對要求極高的電子行業來說是很難容忍的，它們要求產水中不能有細菌的存在。
結垢
　　結垢為溶解性較差的鹽類、金屬氧化物的沉積，在反滲透系統中常見的結垢形式為：碳酸鈣、硫酸鈣、硫酸鋇、硫酸鍶。另外也可能有硅垢、氟化鈣，磷酸鈣等垢。
此類結垢是由于反滲透過程的濃縮而引起的。鐵、錳也會因為氯、氧的氧化而以氧化態形式沉積于膜上。
化學污染
　　化學污染是指進水中某些可溶物質、有機物質與膜發生結合，或是膜與預處理的錯誤加入的藥劑發生反應。
　　例如：陽離子型的表面活性劑與表面帶有負電的聚酰胺膜結合，絮凝劑與阻垢劑選用不當，導致膜面污染。
鍋爐維修針對以上問題所列出的解決方法策略：
　　每種污染都肯用一種或幾種處理方法進行有效的控制，見下表。